Article escrit per Òscar Güell d'IThinkUPC 

• Com donem suport bioinformàtic a un grup de recerca de l'Hospital de Bellvitge amb AWS

Als enginyers i enginyeres d’IThinkUPC ens motiva molt assessorar i facilitar als grups de recerca l’accés a les eines informàtiques més adients en cada cas particular, és a dir, oferir-los la tecnologia que els permeti ser el màxim d’autònoms i els ajudi a agilitzar els processos de recerca. La nostra vocació és oferir acompanyament expert, proper i flexible.

En aquest vídeo, un grup de recerca del servei de microbiologia de l'Hospital de Bellvitge descriu com els hem ajudat a desplegar i gestionar un entorn d’anàlisi bioinformàtica de dades amb eines de computació al núvol d’Amazon Web Services. La Sara i l'Aida, del servei de microbiologia de l'Hospital de Bellvitge, ens ho expliquen a l'entrevista que podreu escoltar al vídeo. Us la transcrivim aquí: 

Presentació del grup: qui sou i a què us dediqueu?

Som un grup de recerca del servei de microbiologia de l’Hospital Universitari de Bellvitge que treballa en patògens bacterians, principalment pneumococ i Haemophilus influenzae. La nostra línia de recerca se centra en l’anàlisi de l’ADN bacterià per veure com evoluciona en els patògens en el temps però també per estudiar-ne els mecanismes de virulència i de resistència antibiòtica.

Com s’ha vist afectada la vostra recerca amb la incorporació de noves tecnologies?

La recerca epidemiològica ha canviat molt en els últims anys, ja que s’han creat noves eines de seqüenciació massiva més ràpides i fiables. Amb aquestes noves tecnologies podem aconseguir tota la informació genètica dels microorganismes, però alhora generem moltes més dades i ens hem vist obligats a crear nous protocols d’anàlisi bioinformàtica.

Quines dificultats us heu trobat amb aquest canvi?

La principal dificultat que ens vam trobar va ser la manca d’eines bioinformàtiques que s’adaptessin a les nostres necessitats, com per exemple un entorn de treball Linux amb alta capacitat computacional per a les anàlisis i l’espai d’emmagatzematge.

Quina solució vau trobar?

Des de l’hospital ens van posar en contacte amb l’empresa de serveis TIC de la Universitat Politècnica de Catalunya, IThinkUPC, que compta amb consultors i consultores experts amb els quals de seguida ens vam entendre.

Com treballeu amb IThinkUPC?

Després de diverses reunions amb la Cristina, l’Eduard i el Dídac, van definir l’arquitectura del servidor que s’adaptés millor a les nostres necessitats; van ser ells els que ens van suggerir que utilitzéssim les eines de computació al núvol d’Amazon Web Services.

Ens van desplegar un entorn de treball amigable que ens permet treballar sense haver-nos de preocupar de la part més tècnica. Actualment tenim un sistema d’autogestió del servidor (RunDeck) i un altre que ens permet crear consultes i gestionar incidències (GN6).

RunDeck és una pàgina web a la qual tenim accés mitjançant un usuari propi on tenim creades una sèrie de tasques que ens ajuden a gestionar el servidor. Per exemple, una d’aquestes tasques ens permet iniciar i aturar el servidor, ja que a AWS es paga pel temps d’ús. Una altra tasca molt útil és la consulta del consum mensual. A mesura que ens van sorgint noves necessitats, podem anar creant noves tasques.

D’altra banda, el GN6 és un sistema de comunicació directa amb l’equip d’IThinkUPC, que per exemple utilitzem si tenim problemes per instal·lar algun programa o si necessitem instal·lar alguna actualització, o simplement ens cal suport informàtic.

Recomanaries IThinkUPC a altres grups de recerca?

A nosaltres ens ha estat de gran ajuda rebre el suport d’IThinkUPC, perquè al nostre grup no teníem els coneixements necessaris per desplegar i gestionar l’entorn d’anàlisi bioinformàtica de dades, i ara, en canvi, tenim l’entorn i el suport quan els necessitem. Creiem que podria ser útil per als investigadors amb coneixements bàsics de Linux que necessiten dur a terme anàlisis bioinformàtiques de dades, però que no tenen la formació per desplegar tot aquest sistema informàtic.

Consulta la web d'IThinkUPC | Lee este artículo en castellano | Mira el vídeo